Muchas especies de hongos presentan un aspecto muy parecido a simple vista. La microscopía permite estudiar estructuras diminutas como las esporas, las hifas, los basidios, las ascas, los cistidios o las fíbulas, cuyos tamaños, formas y reacciones ayudan a diferenciar unas especies de otras.
El análisis microscópico complementa la observación del ejemplar, su hábitat y sus características macroscópicas. Por ello es una herramienta fundamental en la investigación, la clasificación y la identificación micológica rigurosa.